Организация должна исчислить НДФЛ с полной суммы дохода, выплаченного участнику при ликвидации, и подать об этом сведения в налоговую. Получить имущественный вычет по расходам на участие в фирме (приобретение акций, долей) «физик» сможет по окончании года через ИФНС (письмо Минфина от 27.05.2016 № 03-04-06/30627).

Подробнее о получении вычетов читайте в статье «Порядок возврата подоходного налога (НДФЛ): нюансы».