Если облагаемые по ставке 13% выплаты прекратились и возобновились до конца года, вычет полагается работнику за каждый месяц этого года, включая те месяцы, когда дохода не было. Если выплаты прекращаются полностью, налоговая база больше не определяется, и вычет не предоставляется (Письмо Минфина России от 22.10.2014 № 03-04-06/53186).

По вопросу правомерности предоставления вычета, если в данном месяце у работника нет дохода, см. в нашем материале «Можно ли предоставить работнику стандартный вычет за месяц, в котором у него нет дохода?»