Нет, не может.

Имущественный вычет по НДФЛ может предоставить только работодатель работнику. При заключении гражданско-правового договора организация не является работодателем «физика», а значит, предоставлять данный вычет не вправе.
На это указала ФНС в письме от 07.03.2017 № БС-4-11/4076@.

Кстати на стандартные вычеты по НДФЛ работник по ГПД претендовать может — за месяцы, на которые заключен договор (см. письмо Минфина от 07.04.2011 № 03-04-06/10-81).

Какой предел вычетов по НДФЛ в 2017 году, узнайте здесь.