Если у работника - иностранца имеются 2 одновременно действующих патента на территории разных субъектов РФ, можете уменьшать его НДФЛ на сумму авансов, уплаченных по обоим патентам.

Если в течение года такой работник перешел в подразделение на территории другого субъекта РФ, в счет НДФЛ можете зачитывать и авансы, уплаченные им после перехода. Заново подтверждать право на уменьшение налога и получать в инспекции соответствующее уведомление не требуется.

Об этом – письмо ФНС от 26.09.2016 № БС-4-11/18086.

Как отразить зачет патентных авансов в 6-НДФЛ см. «Нюансы заполнения 6-НДФЛ по «патентным» иностранцам».