По арендным платежам в пользу физлица исполняйте обязанности НДФЛ – агента: исчисляйте, удерживайте и перечисляйте налог в бюджет. Этого требует Минфин России (Письмо от 02.06.2015 № 03-04-06/31829).

О позиции судей по данному вопросу см. «НДФЛ при аренде имущества у физического лица».

Также см. «Налоговый агент по НДФЛ: кто является, обязанности и КБК».