Даже если в 2015 году для статуса резидента работнику не хватило всего нескольких дней, а приобрел он его в самом начале 2016-го, пересчитывать НДФЛ за прошлый год по ставке 13% не следует. Возможность изменения налогового статуса задним числом, в зависимости от времени пребывания в стране в следующем налоговом периоде, НК РФ не предусмотрена.

Об этом – письмо Минфина от 16.03.2016 № 03-04-05/14418.

Подробнее об НДФЛ-резидентстве читайте в статье «Налоговый резидент РФ – это …».