Если ваш работник утратил статус беженца и не приобрел статуса налогового резидента РФ, облагайте его доходы НДФЛ по ставке 30% (Письмо ФНС России от 06.03.2015 № БС-4-11/3628).

Определить, является ли работник резидентом, вам поможет наш материал «Как правильно определить период, необходимый для придания гражданину статуса налогового резидента».