В первую очередь, документами, подтверждающими фактическое нахождение человека в стране (а значит, и его резидентство) являются копии страниц паспорта с отметками о пересечении границы. Если их нет, то можно использовать сведения из табеля учета рабочего времени, данные миграционных карт, документы о регистрации по месту жительства (пребывания) и иные подобные документы. Об этом напомнила ФНС в письме от 06.09.2016 № ОА-3-17/4086.

Для чего и как определять налоговый статус физлица см. «Налоговый резидент РФ – это …».