По разным обособленным подразделениям, состоящим на учете в одной инспекции, заполняйте отдельные расчеты 6-НДФЛ. Такое указание дает ФНС России в письме от 28.12.2015 № БС-4-11/23129.

Данный вывод Служба обосновывает требованием п. 2 ст. 230 НК РФ сдавать 6-НДФЛ по месту учета обособленных подразделений, а также отсутствием у НДФЛ-агентов права выбора подразделения, через которое перечислялся бы налог и подавались расчеты.

О том, как проверить расчет, читайте в материале «6-НДФЛ можно самостоятельно проверить перед сдачей».