При перерасчете отпускных меняется сумма НДФЛ. Это изменение должно отразиться в расчете 6-НДФЛ. Поскольку 1 раздел заполняется нарастающим итогом, суммы в нем будут указаны с учетом пересчета выплат за отпуск. В разделе 2 перерасчет не показывают (письмо ФНС от 13.10.2016 № БС-4-11/19483).

Если в результате пересчета выходит налог к возврату, смотрите как показать в расчете его – «Отражаем в 6-НДФЛ возврат налога работнику».