Уплачивать НДФЛ нужно строго по месту нахождения головного офиса и каждого ОП. Сдавать расчет 6-НДФЛ можно на выбор: по месту «крупнейшего учета» или в ИФНС подразделений. Об этом напомнил Минфин письмом от 24.10.2016 № 03-04-06/62497.

См. также «КБК в форме 6-НДФЛ в 2016 году (нюансы)».