Вознаграждение по гражданско-правовому договору включайте в расчет 6-НДФЛ на дату выплаты, независимо от даты подписания акта приемки-сдачи работ. Если расчитывались частями, каждую часть включите в свой период. Ведь датой получения дохода является дата выплаты денег. Это подтвердила ФНС (письмо от 17.10.2016 № БС-3-11/4816@).

Аналогичные разъяснения налоговики уже давали ранее.

Пример отражения данных выплат в расчете см. «Как правильно отразить договор подряда в 6-НДФЛ?».