Если вы пересчитали отпускные и налог с них, в разделе 1 расчета 6-НДФЛ укажите итоговые суммы с учетом пересчета (письмо ФНС от 24.05.2016 № БС-4-11/9248). Ведь раздел заполняется «по нарастающей».

См. также «6-НДФЛ: отражаем отпускные».