Если ваша организация выплачивает вознаграждения работнику за служебные изобретения, служебные полезные модели, служебные промышленные образцы, то организация признается налоговым агентом в отношении таких выплат. Следовательно, вам нужно исчислить и удержать НДФЛ. Об этом - Письмо Минфина России от 23.06.2016 № 03-04-06/36518.

Если этого не сделать, то может наступить ответственность за такие бездействия. Подробнее об этом  читайте в статье «Налоговый агент по НДФЛ: кто является, обязанности и КБК».