Если физлицу, с которым у вас заключен гражданско-правовой договор, вы оплачиваете проезд и проживание в месте выполнения работы, удерживайте с этих сумм НДФЛ. Это его доход в натуральной форме. Значит, вы — налоговый агент (письмо Минфина от 21.07.2017 № 03-03-06/1/46709).

Впоследствии сам подрядчик сможет вернуть этот налог посредством профвычета.

Про профессиональные налоговые вычеты по НДФЛ в 2017 году читайте здесь.