Если физлицу, с которым у вас заключен гражданско-правовой договор, вы оплачиваете проезд и проживание в месте выполнения работы, удерживайте с этих сумм НДФЛ. Это его доход в натуральной форме, вы — налоговый агент, а в перечне освобожденных от налогообложения сумм (ст. 217 НК РФ) данных коменсаций нет (письма Минфина от 04.10.2023 № 03-04-05/94461, от 22.09.2021 № 03-04-06/76866 и др.).
Нужно ли облагать данные компенсации страховыми взносами, см. здесь.
Удержанный НДФЛ физлицо может вернуть через процедуру профвычета.
Пример предоставления налоговым агентом профессионального вычета по НДФЛ по гражданско-правовому договору на выполнение работ от «КонсультантПлюс»
По договору подряда, заключенному с организацией, Федоров В.В. (налоговый резидент РФ, не являющийся ИП) обязан осуществить работы по ремонту производственного оборудования.
Сумма вознаграждения по договору составляет 150 000 руб.
Фактические расходы Федорова, напрямую связанные с выполнением указанных работ, составили 95 000 руб. Из них:
затраты на приобретение запасных частей и материалов, необходимых для ремонта, - 88 000 руб.;
транспортные расходы на доставку запасных частей и материалов - 7 000 руб.
На основании письменного заявления Федорова, акта выполненных работ по договору подряда и представленных им первичных документов (договоров на приобретение материалов и на оказание транспортных услуг, товарных накладных, актов об оказании услуг и чеков ККТ), подтверждающих расходы, организация предоставила ему профессиональный вычет в размере произведенных им затрат.
Расчеты и другая подробная информация по профвычету у налогового агента — в готовом решении. Пробный доступ к системе можно получить бесплатно.