Если работник принес заявление на имущественный вычет и соответствующее подтверждение из ИФНС, верните ему НДФЛ, удержанный до обращения за вычетом. В каких подразделениях он работал в течение года – не важно. На порядок возврата налога это не влияет. Что и подтвердил Минфин в письме от 22.11.2016 № 03-04-06/68714.

Кстати, на возврат НДФЛ при предоставлении вычета не с начала года Минфин согласился не так давно. Раньше у него была другая точка зрения. Подробнее см. здесь.