Не нужно удерживать НДФЛ с возмещения морального вреда, если оно производится по решению суда. Если компенсируете вред работникам по иным основаниям, например, в соответствии с коллективным договором, удерживайте налог со всей суммы возмещения. Освобожденной от НДФЛ компенсацией по закону (п. 3 ст. 217 НК РФ) оно не является.

Так считает Минфин в письме от 05.07.2016 № 03-04-06/39267.

Больше о возмещении морального вреда работникам узнайте из статьи «Ст. 237 ТК РФ: вопросы и ответы».

Ответы на вопросы о применении НДФЛ-освобождения ищите в материале «Ст. 217 НК РФ (2015): вопросы и ответы».