Вы вправе не облагать НДФЛ суммы возмещения работникам с разъездным характером работы расходов на аренду квартир в служебных целях в размерах, которые установлены коллективным договором, соглашениями, локальными нормативными актами или трудовым договором (Письмо Минфина России от 15.09.2014 № 03-03-06/4/46131).

О том, нужно ли с суточных, превышающих установленный в НК РФ лимит при командировках, исчислять НДФЛ, см. в нашем материале «Выплаты разъездным работникам: когда можно не удерживать НДФЛ?»