Торговый сбор оказался больше НДФЛ. Может ли ИП вернуть разницу?

К сожалению, это невозможно.

Если уплаченный в течение года торговый сбор превысит исчисленный по итогам года НДФЛ, вам просто не придется платить налог на доходы. Но возвратить разницу между сбором и налогом нельзя. НК РФ это не предусмотрено.

Вернуть или зачесть вы сможете уплаченные по НДФЛ авансы. И обратите внимание, в первую очередь исчисленный НДФЛ уменьшается именно на суммы торгового сбора и только потом на сумму авансовых платежей.

Это следует из письма Минфина от 12.09.2016 № 03-04-07/53154.

Посчитать торговый сбор вам поможет статья «Как правильно рассчитать торговый сбор – пример».