Да, законно, считает Минфин (письмо от 31.08.2017 № 03-02-08/55972).

Налоговики могут провести выездную проверку в квартире физлица, если сам «физик» не возражает. Но находиться в жилом помещении против воли проживающих контролеры не вправе. Если согласия на «надомные» мероприятия нет, проверка пройдет в инспекции. Это подтверждает ФНС.

Как выносят решение по проверке, читайте здесь.