Логотип организации – это реклама. Поэтому затраты на его изготовление (дизайн) вы вправе учесть для налога на прибыль. Это подтвердил Минфин России в своем Письме от 12.09.2014 № 03-03-РЗ/45762.

Подробнее об учете рекламных расходов см. в нашем материале "Особенности учета расходов на рекламу".