При выплате штрафов за несоблюдение договора поставки резиденту республики Казахстан, который не имеет постоянного представительства в России, вы не должны удерживать налог на прибыль. Доходы в виде штрафов не поименованы в Конвенции между Правительством РФ и Правительством Республики Казахстан от 18.10.1996 "Об устранении двойного налогообложения и предотвращении уклонения от уплаты налогов на доход и капитал". А согласно ст. 21 Конвенции такие доходы облагаются налогами в стране получателя (Письмо ФНС России от 02.12.2014 № ГД-4-3/24869@).