Рассчитывать налоговую базу по капитальным вложениям в таком порядке вы должны в любом случае. Даже тогда, когда по самому объекту аренды налог уплачивается исходя из его кадастровой стоимости (Письмо Минфина России от 03.09.2014 N 03-05-05-01/44118).

О том, кто - арендодатель или арендатор -  должен уплачивать налог на имущество, см. в нашем материале "Кто уплачивает налог на имущество со стоимости неотделимых улучшений недвижимости?".