Реализация товаров через интернет-магазин не относится к розничной торговле, а значит, перевести ее на ЕНВД нельзя. Поэтому вам придется платить налоги по общей системе или перейти на «упрощенку». Об этом - Письмо Минфина России от 02.10.2015 № 03-11-11/56566.

Подробнее об этом читайте в статье «Может ли интернет-магазин применять ЕНВД в 2014–2015 гг.?».