Да, по расходам на модернизацию старого аппарата до онлайн-кассы, отвечающей всем новым требованиям закона о ККТ, вы можете применить вычет в общем порядке. Это прямо предусмотрено п. 2.2 ст. 346.32 НК РФ. Такие же правила установлены для ПСН (п. 1.1 ст. 346.51 НК РФ, см. также письмо Минфина от 05.02.2018 № 03-01-15/6379).

Подробнее о применении онлайн-кассы для ЕНВД читайте здесь.