В нашем случае грузовик зарегистрирован на брата, у меня от него генеральная доверенность, я...

В нормативных документах разъяснений по данному вопросу обнаружить не удалось. Могу предположить, что отказ налогового органа вызван следующими обстоятельствами. В ст. 361.1 НК РФ предусмотрено, что налогоплательщик освобождается от уплаты транспортного налога, если сумма, уплаченная в систему Платон, равна или превышает сумму налога. В ст. 361 .1 НК РФ не конкретизируется, кем должна быть уплачена эта сумма (лицом, на которое зарегистрирован автомобиль или лицом, которое фактически использует этот автомобиль). Вероятнее всего, что налоговые органы считают, что сделать это должен сам налогоплательщик. То, что в доверенности указано, что вы можете уплачивать налоги и сборы не является, на мой взгляд, достаточно весомым аргументом, ведь доверенность является документом, который удостоверяет права, предоставленные вам владельцем автомобиля, но не устанавливает ваши обязанности. Выданная доверенность не снимает с доверителя его обязанности по уплате налогов, сборов. Возможно, что если бы между вами и братом был оформлен договор поручения в соответствии со ст.971 НК РФ, то при наличии документа о том, что ваш брат компенсировал вам произведенные вами расходы, у налогового органа было бы меньше сомнений в правомерности применения льготы по транспортному налогу. Платежи в систему Платон не имеют характер налога или сбора (в понимании ст. 8 НК РФ). Из анализа пп. 2 п. 1 ст. 29 Федерального закона от 08.11.2007 № 257-ФЗ эти платежи являются компенсационной платой за экономический ущерб, наносимый крупнотоннажными автомобилями федеральным трассам. Насколько я понимаю, в вашей доверенности может не содержаться информация о предоставленном вам праве уплачивать ущерб, нанесенный федеральным трассам. За разъяснениями фактических причин отказа в представлении льготы рекомендую письменно обратиться в налоговый орган.