Если налоговая приостановила операции по вашему счету, вы не сможете оплатить таможенные пошлины, сборы, а также пени и штрафы по ним. Банк проведет таможенный платеж, только если на него есть вступившее в силу решение суда. А дело в том, что таможенные платежи не указаны в числе сумм, не подпадающих под блокировку (абз. 3 п. 1 ст. 76 НК РФ), и не предшествуют налоговым платежам по очередности списания, установленной в п. 2 ст. 855 ГК РФ.
На это обратил внимание Минфин в письме от 07.03.2018 № 03-02-07/1/14622.
Подробнее о блокировке читайте в статье «Арест расчетного счета налоговой: основания и как снять?».